Qual a melhor rota (fora do óbvio) para chegar no Japão com milhas?

Pensaria indo por Los Angeles, Cidade do México, Chicago

Há algumas opções via Europa também. Mas hoje as companhias aéreas de lá lidam com o problema do espaço aéreo russo. Elas precisam desviar, e por isso os voos tem ficado mais longos (e custosos).

Hoje, eu iria via Europa usando Avios com a Finnair ou tabela fixa Latam usando Japan Airlines.
Outra forma interessante combinando Hong Kong seria via Joanesburgo com a Cathay Pacific usando Avios e emitindo JNB com Latam ou South African.

@doliveira pode responder essa.

Estamos usando muito um resgate da Latam para chegar no Japão via Cidade do México com Aeromexico. Salvo engano, custa em torno de 250k o trecho em executiva de ponta a ponta.

Outra opção seria via Iberia usando avios. Pode ser complicado encontrar disponibilidade GRU-MAD-TYO em uma só emissão, mas você pode aproveitar uns dias em MAD na ida ou na volta em emissões separadas.